Un detective del Departamento de policía de Los Angeles desaparece durante una peligrosa misión secreta. El equipo deberá ayudar a la policía en este caso, aunque al nuevo jefe de investigación, Scarli, no se lo pondrá nada fácil a Callen y a su equipo. Pero, además, esta la operación se complicará cuando descubren que está relacionado con el tráfico de personas, drogas y falsificación de dinero. Mientras Hetty y Nate son enviados a una misión tan secreta, tan secreta que Nate tendrá que trabajar sin tener detalles sobre la misma. Y Callen intentará recomponer su pasado e identificar al misterioso hombre que le observaba en el cementerio.