Efter att ha avtjänat ett åttaårigt fängelsestraff för dråp, är Jan Thomas en fri man. Han är en gudabenådad organist och blir snabbt anställd i en kyrka. Där träffar han prästen Anna som bor ensam med sonen Isak. Jan Thomas förälskar sig i Anna men väljer att inte berätta om sitt förfl utna. Deras förhållande fördjupas i snabb takt, samtidigt som Isak väldigt starkt knyter an till Jan Thomas. En dag när Jan Thomas ska hämta Isak på förskolan, är Jan Thomas ouppmärksam för ett kort ögonblick, och plötsligt är Isak försvunnen. Agnes är gift med Jon, och de har en dotter tillsammans. Agnes som är lärare, är på skolbesök i kyrkan och känner igen organisten, den man som åtta år tidigare blev dömd för mordet på hennes lille son. Hon berättar inget för Jon, och dras mer och mer in i Jan Thomas Historia. Nu får Agnes och Jan Thomas tillsammans möta förlust, skuld, kärlek och tillgivelse.
