Nadat NCIS er niet in slaagt om een mol in de afdeling te lokaliseren, dringt onderminister van Defensie Corbin Duggan aan op nieuw leiderschap en neemt de eenheid Los Angeles over van Hetty en Granger. Ook reist het team naar Syrië om een High Value Target te pakken waarbij een teamlid ernstig gewond raakt als de missie misgaat.