세계의 운명을 좌우하는 "타임 크리스탈"을 둘러싸고 루팡&고에몽vs지겐의 뜨거운 싸움이 시작된다! 루팡 3세와 공모한 혐의로 제니가타 경부에게 체포영장이 발부된다. 그것을 알게 된 루팡은 TV에 출연해 오보임을 알리나, 오해를 푸는 대신 특별한 다이아몬드「타임 크리스탈」을 훔친다. 그 다이아몬드는 세계정복을 가능하게 만들 슈퍼 양자 컴퓨터, 에밀카를 기동하기 위해 필요한 물건이었다. 루팡은 다이아몬드를 훔치는 것에 성공하지만 동료인 지겐 다이스케에게 빼앗기고 만다! 그때, 런던에서 쇼팽 콩쿨 우승 후보자인 소녀, 알리사가 유괴된다. 지겐의 배신, 피아니스트의 실종, 제니가타의 체포...