All'NCIS viene assegnato il caso di Paul Booth, un tenente della Marina trovato con il biglietto da visita di McGee risalente ai suoi anni a Norfolk. Booth era un amico della nonna di McGee, Penelope Langston, che ha sviluppato un progetto di ricerca militare conosciuto come Principio ANAX prima dello scoppio della Guerra del Vietnam. Il Principio ANAX venne chiuso per quattro decadi prima di essere riavviato. Vengono usati bruchi nutriti in modo particolare per creare un morbo creato geneticamente. Il killer di Booth si scopre essere Max Ellswood, uno dei ricercatori originali del Principio ANAX, che ha ucciso il tenente quando questi ha deciso di rivelare il progetto alla stampa. Alla fine dell'episodio McGee e sua nonna parlano di quanto Gibbs ricordi loro il padre di McGee. McGee alla fine decide di chiamare suo padre con cui non parla da sette anni. Intanto, Jimmy Palmer è alle prese col suo imminente matrimonio.