Ari rapisce Ducky, mentre Tony scopre che Ziva ha consegnato un passaporto francese falso per Ari a un'altra ragazza con la stella di David al collo. Con abili stratagemmi Ari riesce a sfuggire al pedinamento di Gibbs facendo uccidere a costui un certo Mohamed Esfiri, terrorista statunitense, che viene trovato in possesso del Bravo 51 che ha ucciso l'agente Todd. L'ovvia conclusione è che sia lui il cecchino e non Ari. L'istinto di Gibbs però gli suggerisce che Esfiri fosse lì proprio per sviare i sospetti da Ari. Gibbs torna a casa e trova Ari nella sua cantina con in mano il fucile da cecchino che usava quando era un marine, lo stesso tipo di fucile che ha ucciso Kate.