Quando un marine viene ucciso, le indagini della squadra si spostano a Filadelfia, dove Quinn e Bishop sono inviate da Gibbs, per aiutare l'agente Clayton Reeves a ritrovare un collega dell'MI6, scomparso in circostanze misteriose mentre indagava su alcuni trafficanti di armi. Nel frattempo, Alex rievoca un doloroso episodio del suo passato, che dodici anni prima le fece abbandonare il ruolo di agente sul campo.