La squadra è chiamata per il ritrovamento di tre componenti di un equipaggio di un elicottero ipoteticamente precipitato. Il quarto componente dell'equipaggio è ancora disperso. Grazie all'aiuto dell'agente Borin la squadra di Gibbs capisce che possa esserci qualcos'altro sotto alla "sparizione" dell'elicottero. Durante le ricerche dei resti del velivolo Tony e McGee ritrovano il cadavere del pilota assassinato con un colpo in testa. La trama si infittisce quando uno dei tre superstiti possiede l'arma che sembra essere quella del delitto.