Dopo l'esplosione di una bomba nel parcheggio di un hotel, la squadra del Jeffersonian è chiamata per ricomporre e riconoscere i corpi delle vittime. Per Brennan e la sua squadra questa volta ci sarà una grossa sopresa quasi paranormale. Intanto Booth deve lavorare dietro la scrivania per poter avere una promozione, così Sweets si trova a lavorare temporaneamente con l'agente speciale Olivia Sparlin.