A Mátrix-trilógia harmadik, befejező részében az emberek és gépek közti elkeseredett háború katasztrófával fenyegető záróakkordjához érkezik: Zion katonái, bátor civil önkéntesekkel az oldalukon - mint Zee és a Kölyök - kétségbeesetten harcolnak, hogy visszaverjék az őrszemek támadását, amikor a géphadsereg fúrásai már a rejtekhelyük közelébe érnek.A teljes megsemmisüléssel szembesülve az emberiség utolsó bástyájának lakói nem csak saját életükért, de magáért az emberiség jövőjéért küzdenek. Csakhogy egy ismeretlen elem megmérgezi a belső soraikat is: Smith, az immár öntudatra ébredt program ravaszul elrabolja Bane-t, a hajóflotta egyik tagját. Smith már kikerült a gépek ellenőrzése alól, és minden egyes másodperccel erősebbé válik, az a célja, hogy elpusztítsa a birodalmat a való világgal és a Mátrixszal együtt. Az Orákulum végleges útmutatást ajánl Neónak, de ő fenntartásokkal fogadja a szavait, mert attól tart, hogy a nőt is csak egy program irányítja.