Le sort du monde de Tokugawa est en jeu alors que Yagyu Jubei est envoyé en mission pour découvrir ce qui est arrivé à dix espions du shogun qui ne sont jamais revenus. Appelé de sa semi-retraite par le shogun Iemitsu, Jubei est invité à prendre la route et à enquêter sur un clan censé préparer des explosifs pour une rébellion. Avec l'aide d'une belle ninja, ils se dirigent vers le domaine de Shirakawa où les compétences de combat des deux sont testées à maintes reprises alors qu'ils s'efforcent de détruire une conspiration qui pourrait apporter une nouvelle ère des provinces en guerre.