Tony (Michael Weatherly) wird nach seinem Undercover-Einsatz schwer verletzt ins Krankenhaus eingeliefert. Infolge eines Traumas leidet er unter Gedächtnisverlust. Doch während er versucht mit Hilfe einer Therapeutin die letzten Monate zu rekonstruieren, gerät er unter Verdacht einen seiner NCIS-Kollegen ermordet zu haben. Gibbs stößt (Mark Harmon) bei seinen Nachforschungen auf eine geheime Einrichtung zur Überwachung von Spionen.