To brødre deler en tragisk hændelse fra barndommen, som ingen af dem kan give slip på. Nick (Cedergren) bor på et herberg i Københavns Nordvestkvarter. Han er vred, løfter vægte og drikker guldøl. Ikke en mand man skal gå i vejen for. Nicks lillebror er alene med sin 6-årige søn, som han forsøger at sikre en god opvækst, midt i sin jagt på det næste skud heroin. Drevet af håbet om at bryde den onde cirkel, der har præget deres liv, beslutter Nick sig for at opsøge sin bror, men er det muligt at forsone sig med fortiden? 'Submarino' er en hård kærlighedshistorie fra Københavns underside.
